En su Ministerio Pastoral desempeñó los siguientes cargos: Vicario Parroquial, Profesor de Filosofía y Teología en la Facultad de Teología, Profesor de la Escuela de Catequesis, Párroco de Nuestra Señora del Carmen de San Miguel, Párroco de la Santísima Cruz de Barranco, Rector del Seminario Mayor de Santo Toribio de Mogrovejo, Vicario para la Pastoral, Vicario General de la Arquidiócesis de Lima, Vicario Episcopal Regional, Párroco de Santa Rosa de Lima de Lince.
Fue nombrado Obispo por el Papa Juan Pablo II y fue ordenado Obispo y tomó posesión canónica del Obispado Castrense del Perú, en la Catedral de Lima, el 2 de setiembre del 2001. Luego, el 8 de julio de 2003 fue nombrado Obispo Auxiliar de Lurín.
El 8 de agosto de 2011, el Papa Benedicto XVI lo nombró como nuevo Arzobispo Metropolitano de Ayacucho, en sucesión de Monseñor Luis Sebastiani Aguirre SM., que renunció a su cargo al gobierno pastoral, con motivo de límite de edad. El 2 de octubre de ese año, tomo posesión de su cargo como Arzobispo de Ayacucho en una Santa Misa celebrada en la Catedral de Ayacucho.
En esta misma jornada se eligió a Monseñor Pedro Barreto Jimeno, SJ., Arzobispo de Huancayo, como el Primer Vice-Presidente de la Conferencia Episcopal, en tanto, Monseñor Javier Del Río, Arzobispo de Arequipa, fue elegido como Segundo Vice-Presidente del Episcopado Peruano.